美门圣经神学院2024年7月由美村基金会正式创立于雅加达，开办印尼语、英语、中文三种语言的一年制基础圣经课程，以及英语和中文的二年制、三年制进深的教牧领袖、宣教士和师资课程，以训练中国、印尼和国际上的热心信徒为有远见卓识又勤奋务实的福音工人，在中国、印尼和世界各地建立忠信于福音的使命教会。目前有来自十几个国家的近120位学员正在受训。
 
学院前身为2013年于中国北京建立的一年制圣经学习班。当时，为了使热心追求的会友能够在福音的信心上更确切地被建立，为了给他们提供可以在其上进一步发展的圣经知识和属灵操练的基础，也为了提供基本的事工训练使其成为教会中的骨干成员担当服事，我们开设了一年期的全日制圣经培训班，简称一年班。第一期共有12名学员。在这一年中学员要全时间同吃同住，学习圣经概论、专卷研究、释经方法以及基本的教义和事工课程，还要到人群当中现场个人布道并进行初信栽培，也要在共同体的属灵相交中彼此印证。从那时起到2024年，培养了10期近300名本会中坚和超过100名相关教会的带领同工。

2021年开始，便雅悯传道受教会差遣，带领一部分一年班学员20多位，来到雅加达，一边学习，一边布道，建立了雅加达美村教会（GDI），并且加入到印尼慈惠堂区大会成为其成员教会。如今在雅加达有十几个聚会敬拜场所，有超过700人固定在其中聚会，分印尼语、英文、中文不同的语言主日敬拜。
 
如此，从2021到2024年，共有三届学员120余人一边在一年班雅加达校区受训，一边在宣教现场中实战。其中大部分学员毕业后都做为使命明确的宣教士留在雅加达继续福音事工。2022-2024年，印尼美村教会确立了以咖啡店产业体系为主体，来支持和推动教会植堂的倍增机制，这几届学员成为这一事工的主导成员。
 
2024年7月起，原有的一年制的圣经培训班升级为美门圣经神学院，成为以一年制圣经培训为基础课程，培训教牧领袖和圣经教师的2-3年的进深课程为进阶的神学培训体系。其中一年制课程招收了来自印尼、中国内地和印度、非洲等十几个国家的近120余名学员，以英语、中文和印尼文三语授课。进深课程以英文和中文为授课语言，满足毕业要求的学员需要有相当于M.Div程度的学分和学术资质。